加工贸易保税货物深加工结转：是指加工贸易企业将保税料件加工的产品转至另一个加工贸易企业进一步加工后复出口的经营活动。
加工贸易保税货物深加工结转的程序要经过三个环节：
计划备案(计划申报)
收发货登记
结转报关(办理报关手续)
(1)第一个环节：计划备案(计划申报)
转出企业、转入企业向各自的主管海关提交加工贸易保税货物深加工结转申请表，申报结转计划。
①转出企业填写申报表(一式四联)、签章，向转出地海关备案；
②转出地海关备案后，留存一联，其余三联退转出企业 交 转入企业
③转入企业在转出企业备案后20日内，持申请表的其余三联，填写本企业相关内容后签章，向转入地海关备案；
④转入地海关审核后，将申请表第二联留存，第三联和第四联交转入、转出企业凭以办理结转收发货登记及报关手续。
★在计划备案节：先是转出企业办理转出备案，后是转入企业办理转入备案
深加工结转，在计划备案这个环节中，先是转出企业办理，后是转入企业办理。
(2)收发货登记
转出、转入企业在海关备案申请保税货物深加工结转后，应该按照海关核准的计划进行实际发货，并在实际结转情况登记表上如实登记，并加盖企业结转专用章。
(3)结转报关
转出、转入企业实际收发货后，应当按照规定办理结转报关手续。
①、转出、转入企业应当分别在转出地、转入地海关办理结转报关手续；
转出、转入企业可以凭一份《申请表》分批或者集中办理报关手续；
转出(入)企业每批实际发(收)货后，应当在90日内办结该批货物的报关手续；
具体的做法：
②、转入企业凭《申请表》、《登记表》等单证向转入地海关办理结转进口报关手续，并在结转进口报关后的第二个工作日内将报关情况通知转出企业；
③、转出企业自接到转入企业通知之日起10日内，凭《申请表》、登记表》等单证向转出地海关办理结转出口报关手续；
★(从② ③ 得知，在结转报关环节：转入企业先报关，转出企业后报关)
④结转进口、出口报关的申报价格为结转货物的实际成交价格；
⑤一份结转进口报关单对应一份结转出口报关单，两份报关单之间对应的申报序号、商品编号、数量、价格和手册号应当一致；
⑥结转货物分批报关的，企业应当同时提供《申请表》和《登记表》的原件及复印件；
深加工结转要注意：
※深加工结转的程序是：先计划申报；再办理收发货登记；最后办理报关手续。
※在计划申报中：先转出企业办理，后转入企业办理；
※在办理报关手续中：先转入企业办理，后转出企业办理。
纸质手册深加工结转在计划备案阶段和结转报关阶段都是向各自海关办理。
跨关区异地加工、加工贸易外发加工、加工贸易保税货物深加工结转区别：
(1)跨关区异地加工材料直接运到关区以外的其他企业进行加工。
(2)加工贸易外发加工，是将加工的个别工序，委托别的企业进行加工。
(3)加工贸易保税货物深加工结转：将料件在自己的关区内已经完成了加工，然后，转到另外一个关区进行进一步的加工。
