1、一方面要能够起到区分会计科目的作用；另一方面，要便于会计人员的识别与计算机的输入。科目编号能清楚地表示会计科目所属的类别及其在类别中的位置。
2、一级会计科目的编号：一般采用四位纯数字表示，其中：
第一位数字（即千位）：表示会计科目的类别，其中1表示资产类，2表示负债类，3表示所有者权益类，4表示成本类，5为损益类；
第二位数字（即百位）：可以划分大类下面小类；剩余两码为流水号。为便于会计科目的增减，一般情况下，编码要考虑到未来的扩展性，在编码间，留有一定的间隔。
小类的排列顺序也是有原则的，如：资产类下面的小类是按照变现能力大小排序；负债类下面的小类是按照流动性大小排序；所有者权益类下面的小类是按照转化为资本的能力大小排序。
二级会计科目：一般采用六位编码，其中前四位为一级科目的代码，后两位为流水号。如：银行存款（编码为1002）下根据银行的不同，设置多个二级别科目，诸如“中国建设银行”、“中国工商银行”、“中国农业银行”等等，则可分别编码为：100201中国建设银行、100202中国工商银行、100203中国农业银行。
一般情况下，二级科目都是根据企业的需要来设置。但无论一级科目、二级科目如何设置，其前提都必须要保证编码的唯一性。因此，为了确保会计科目的唯一，数据保存时的检验动作必不可少。
