1、土木工程
2、建筑学
3、信息工程
4、电子科学与技术
5、计算机科学与技术
6、生物医学工程
土木工程 近几年迅速发展壮大，并开始向交通运输工程、材料科学与工程、环境科学与工程、工程力学等领域拓展，蜚声中外。学院教学与科研并重，设有为教学、科研服务的大型结构试验室、预应力实验室、力学实验室、水力学实验室、结构力学实验室、环境工程实验室、计算机及CAD中心室和力学实验中心。拥有国内历史悠久、专业藏书丰富的土木工程图书馆和资料室。
建筑学 是东南大学的传统强势学科，建立于1927年，是我国成立的第一个建筑系，实力雄厚，全国建筑院系通用的教材有近1/3由东大编写，全国建筑方面的国家级重点学科东南大学就占了1/3，特别是中国古建筑历史方面，东南大学的地位更是其他院校无可比拟的，在国内一直处于领先地位。教学上实行教授负责制和导师负责制，使学生在大一的时候就有机会与博导、院士等进行学习，形成了鲜明的特色。
信息工程 是东南大学的一大骄傲，2006年1月，东南大学研制出中国第一块符合3G移动通信技术规范的芯片，这宣告着我国跻身于世界移动通信强国的行列，现在国家新一代移动通信技术(4G)开发项目的总体负责人就是东南大学无线电工程系的尤肖虎教授。在未来五年，东南大学将建成移动通信国家实验室。这里将成为我国移动通信方面与世界其他通信强国抗衡的最为重要的阵地。
电子科学与技术 专业以宽口径培养电类人才为主要特色，实行学生在低年级时先不分专业，高年级后，可根据自己的兴趣、爱好及对各个学科的了解选择校内电类的任何专业，因材施教。
计算机科学与技术 形成了以计算机网络和数据库技术研究和应用为龙头，带动整个学科发展的特色，完成了大量的国家和省部级重要科研项目，获得较多的国家和省部级科技进步奖项，为国家和地方经济和信息化建设做出了贡献，成为国内具有明显特色和较高学术水平的计算机院系。
生物医学工程 是东南大学依托传统优势学科去发展交叉学科与边缘学科的一次成功的创新，他们的数学和数学系的知识深度和难度不相上下，电子方面的课程也可与电子系的一较高低，除此之外还要在医学院学习一年的医学知识，真可谓是样样精通了，经过这些年的努力，东南大学生物医学工程学科已经处于国内同学科的领先地位。
