根据监管物件的不同，海关监管分为运输工具监管、货物监管、和物品监管三大体系，每个体系都有一整套规范的管理程式与方法。监管是海关最基本的任务，海关 的其他任务都是在监管工作的基础上进行的。除了通过备案、审单、查验、放行、后续管理等方式对进出境运输工具、货物、物品的进出境活动实施监管外，海关监 管还要执行或监督执行国家其他对外贸易管理制度的实施，如进出口许可制度、外汇管理制度、进出口商品检验检疫制度、文物管理制度等，从而在政治、经济、文 化道德、公众健康等方面维护国家利益。
1、一般贸易监管
一般贸易是指中国境内有进出口权的企业单边进口或单边出口的贸易。这种贸易方式主要有申报、查验、征税、放行四个环节，海关对其的监管也是由此四个环节展开。
(一)进出口申报
进出口货物收发货人、受委托的报关企业，依照《海关法》以及有关法律、法规的要求，在规定的期限(进口货物为进境之日起十四天内，出口货物运抵海关监管区 后装货的二十四小时前)，进出境货物的口岸或关境，采用电子资料报关单和纸质报关单形式，向海关报告实际进出口货物的情况，海关以申报资料(商业发票、装箱单 等相关单证)对照报关进行审核。进口货物收发货人未按规定期限向海关申报产生滞报的，由海关按规定征收滞报金。海关接受进出口货物申报后，电子资料和纸质 的进出口货物报关单不得修改或者撤销；确有正当理由的，经海关审核批准，可以修改或撤销。
(二)配合查验
海关为确定进出境货物收发货人向海关申报的内容是否与进出口货物的真实相符，或者为确定商品的海关编码、价格、原产地等，依法对进出口货物进行实际核查。通过实际核查，检查报关单位是否伪报、瞒报、申报不实，同时也为海关的征税、统计、后续管理提供可靠的资料。
查验的实施一般在海关监管区内执行，也有特殊的原因需要在海关监管区外执行的。海关查验的方法可以彻底查验，也可以抽查；查验的操作分为人工查验和设备查验。
海关查验货物时进出口货物收发货人或其代理人应当到场配合查验，查验结束后，海关查验人员填写《海关进出境货物查验记录单》现场人员签名确认，查验过程如因查验人员的责任发生损坏，属海关赔偿范围的，海关依法赔偿。
(三)缴纳税费
货物经过申报、查验环节后，海关核对电脑计算的税费，开具税款缴款书和收费票据，进出口货物收发货人或其代理人在规定时间内，向指定银行办理税费交付手续或通过网路进行电子支付。
(四)放行(提取或装运货物)
海关接受进出口货物的申报，审核申报资料及相关单证，并且货物通过上述申报、查验、征税环节后，对一般贸易进出口货物结束海关进出境现场监管，允许进出口货物离开海关监管现场的工作环节。
在实行“无纸通关”申报方式的海关，海关做出现场旅行的决定后，通过电脑将资讯发送给进出口货物收发货人或其代理人和海关监管货物保管人，进出口货物收发货人或其代理人自行列印海关放行通知书，提取或装运货物。
2、加工贸易监管
外资企业主要以加工贸易的方式经营。海关以往的加工贸易监管规定往往只是针对特定时期的某一种贸易方式或某一项业务而制定，缺乏一部系统的、全面的监管规 章。另外，多数加工贸易的监管规定制定的立法环境、条件与现在相比已发生很大变化，有些规定出现不适应状况。针对上述原因，《中华人民共和国对加工贸易货 物监管办法》也就应运而生，对以往规定进行了整合与规范，并于2004年4月1日开始正式实施。
目前，我国加工贸易管理实行保税监管制度。从1995年开始，海关根据国务院规定，对加工贸易实行银行保证金台帐管理制度，有效地保障了国家关税的税收， 但仍需进一步完善。《海关法》对海关要求企业提交担保的范围、方式已有原则性规定，因此，新的《加工贸易货物监管办法》规定海关对加工贸易实行担保制度， 规定了担保适用的有关情形，规定了担保的解除条件。
核查是加工贸易海关监管的手段，因此《加工贸易货物监管办法》明确了海关“核查”的法律地位，保留了海关对企业进行勘验、核查的权力，规定海关根据监管需 要，可以对企业进行核查，企业应当予以配合。另一方面，加工贸易海关监管还应与企业管理密切联系，关注的重点从货物转到企业与货物并重，重点放在企业自 管。要求加工贸易企业须经海关注册登记，按规定设置并向海关报送有关帐簿、报表和其他单证。
另外，进一步完善加工贸易和保税监管法规体系，建立健全“企业自管、海关监管、地方政府协管、社会共管”的综合治理机制等工作，中国海关海关实行联网监 管。来自海关总署的资料显示，到2005年底，海关共对2,290家大型加工贸易企业实施了联网监管，联网企业加工贸易进出口值已占中国全部加工贸易进出口值的56.5%。
