企业办理加工贸易合同备案前需要报商务主管部门审批合同，领取“加工贸易业务批准证”和“加工贸易企业经营状况和生产能力证明”；需要领取其他许可证件的还要向有关主管部门申领许可证件。然后进入海关合同备案的程序，其步骤为：
(1)将合同相关内容预录入与主管海关联网的计算机。
(2)由海关审核确定是否准予备案。准予备案的，由海关确定是否需要开设加工贸易银行保证金台账。
(3)需办理开设台账手续的，应向银行(中国银行、工商银行)办理台账保证金专用账户设立手续。已设立台账保证金专用账户的企业，凭“海关注册登记证明”向银行进行一次性备案登记。
银行与海关目前采用台账电子化联网管理模式。企业在预录入端收到回执后，直接凭银行签发的电子“银行保证金台账登记通知单”向海关办理加工贸易备案手续，无须再往返于海关与银行之间传递单证，有关单证的电子数据均实现网上传输。
(4)不需要开设台账的，直接向海关领取加工贸易手册或其他备案凭证。
